Bet punkts nav tikai Sanktpēterburgas atrašanās vietas mistikā. Pati dabai šeit ir tumša aura. Zinātnieki uzskata, ka Ziemeļu galvaspilsēta atrodas pie četru tektonisko plākšņu savienojuma: Baltijas vairoga un Krievijas plāksnes, no vienas puses, un divu plākšņu, no otras puses, uz lielas ziemeļrietumu vainas.
Vietas virs zemes garozas bojājumiem ir ģeopatogēnas. Zemes garozas ģeoloģiskās kļūdas izraisa spēcīgas izmaiņas elektromagnētiskajā laukā virspusē. Turklāt šādās vietās uz virsmas var nonākt radons, bezkrāsains un bez smaržas radioaktīvs monatomijas gāze. Nonākot cilvēka ķermenī, radons tajā izraisa patoloģiskus procesus, kas noved pie plaušu vēža - tas tiek uzskatīts par otro biežāko (pēc smēķēšanas) faktoru, kas provocē šo slimību.
Tiek uzskatīts, ka dzīvošana geopatogēnajās zonās negatīvi ietekmē cilvēka fizisko un garīgo veselību. Cilvēki, kas dzīvo šādās zonās, biežāk saslimst, šeit bieži notiek negadījumi, autoavārijas, cilvēku izraisītas katastrofas utt. Sanktpēterburgā 20 līdz 40 procenti pilsētas iedzīvotāju dzīvo ģeopatogēnās zonās. Krasnoselsky rajons, Vasilievsky sala, Ozerki, Grazhdanka, Kupchino un teritorijas gar Ņevas upi tiek uzskatītas par ģeopatogēnām zonām.
1995. gadā zinātnieki E. K. Meļņikovs un V. A. Rudņiks veica medicīniskās statistikas pētījumu Graždanskas prospekta teritorijā. Pārbaudot ambulatorās kartes poliklīnikās, viņi atklāja, ka dažās mājās dzīves ilgums bija ievērojami zemāks nekā vidējais, un biežums bija lielāks. Tika novērota koronāro sirds slimību saslimstības palielināšanās un vēža slimnieku skaita palielināšanās (Sanktpēterburga parasti ir viena no līderēm Krievijā vēža slimnieku skaita ziņā uz tūkstoš iedzīvotājiem). Zinātnieki secināja, ka šīs mājas atrodas tikai uz zemes garozas bojājumiem.
Bet, pēc zinātnieku domām, ģeopatogēnās zonas ne tikai izraisa slimības, bet arī stimulē cilvēka radošo darbību, un acīmredzot šī iemesla dēļ Sanktpēterburga tiek uzskatīta par Krievijas kultūras galvaspilsētu, un šeit esošo iedzīvotāju radošā aktivitāte vienmēr ir bijusi ļoti augsta.