Genome 10K konsorcija dalībnieki ikgadējā konferencē, kas tagad notiek Ņujorkā, paziņoja par starptautiskā projekta "Mugurkaulnieku genomi" uzsākšanu, tā uzdevums ir savākt visu 66 tūkstošu mugurkaulnieku sugu genomus, kas šodien dzīvo uz planētas. Gizmodo vairāk stāsta par projekta mērķiem un uzdevumiem.
2009. gadā amerikāņu biologi Deivids Hausslers, Olivers Rīders un Stefens O'Braiens nodibināja projektu Genome 10K, kura mērķis bija secībā noteikt 10 000 mugurkaulnieku genomus. Sākotnēji projektā piedalījās 55 zinātnieki no lieliem zooloģiskajiem dārziem, pētījumu centriem un muzejiem. Sākumā nebija skaidrs, cik ilgs laiks nepieciešams pietiekami kvalitatīvu genomu savākšanai. Bet līdz ar secības noteikšanas metožu izmaksām un vienkāršošanu kļuva skaidrs, ka projekts savus uzdevumus izpildīs pēc dažiem gadiem. Pēdējo trīs gadu laikā projekta dalībnieki salīdzināja galvenās DNS sekvencēšanas tehnoloģijas un iegūto rezultātu analīzi, lai izvēlētos tādu, kas radīs "platīna genomus".
Vakar Genome 10K dalībnieki paziņoja par jauna mugurkaulnieku genoma projekta uzsākšanu, kura mērķis ir savākt 66 000 mugurkaulnieku sugu vīriešu un sieviešu genomus. Projektā piedalīsies 150 zinātnieki, kas pārstāvēs 50 organizācijas no 12 valstīm. Kā norāda viens no projekta dibinātājiem Olivers Rīders, rezultātā biologi varēs saprast sugu izzušanas cēloņus, tostarp to, vai sugas vēsturē ir bijuši cieši saistīti krustojumi, "sastrēgumi", kā rezultātā sugu ģenētiskā daudzveidība vai svītrojumi - mutācijas, kas var "izslēgties". »Organisma izdzīvošanai nepieciešamie gēni.
Kopā ar jaunā projekta izsludināšanu zinātnieki nekavējoties iepazīstināja ar pirmajiem tā darba rezultātiem: 15 mugurkaulnieku sugu genomi, ieskaitot apdraudēto kakapo pūces papagaili, kas ir endēmisks Jaunzēlandei, un Austrālijas plati. Šie un visi citi genomi, kurus pētnieki plāno savākt, tiks publicēti publiskajā telpā, Noasa šķirsta genomikas datu bāzē.
Dalībnieki plāno sekvencēt īsus genoma DNS posmus un savākt no tiem arvien garākas sekvences līdz pat visai hromosomai, un pēc tam tos "pielīmēt", izmantojot algoritmus, kas īpaši izstrādāti projektam.
Iepriekš pētnieki varēja lasīt cilvēka genomu viedtālruņa izmēra kabatas sekvencerī. Ierīce uzstādīja rekordu par ilgāko DNS molekulas nolasījumu, tā varēja secības secību secināt līdz 882 tūkstošiem bāzes pāru.
Jekaterina Rusakova
