Tiek uzskatīts, ka pirmais zināmais kriptogrāfijas pielietojums ir īpašu hieroglifu lietošana apmēram pirms 4000 gadiem Senajā Ēģiptē. Kriptogrāfijas elementi tika atrasti jau Vecās un Vidējās karaļvalsts uzrakstos, pilnīgi kriptogrāfiski teksti ir zināmi kopš XVIII dinastijas perioda. Hieroglifu rakstīšana, kas iegūta no piktogrāfijas, bija piepildīta ar ideogrammām un vokalizācijas trūkuma dēļ ļāva izveidot fonogrammas pēc mīklu principa.
Ēģiptiešu kriptogrāfija netika izmantota, lai apgrūtinātu lasīšanu, bet, visticamāk, ar rakstu mācītāju vēlmi asprātībā un atjautībā pārspēt viens otru, kā arī ar neparasta un noslēpumaina palīdzību pievērst uzmanību viņu tekstiem. Viens no ilustratīvajiem piemēriem ir muižnieka Khnumhotep II (XIX gs. P.m.ē.) slavēšanas teksti, kas atrasti labi saglabātā kapā Nr. BH 3 Beni Hasanas apkaimē.
Senie ēģiptieši izmantoja vismaz trīs šifrēšanas sistēmas.
Senos Indijas tekstos no 64 mākslām ir nosauktas teksta mainīšanas metodes, dažas no tām var attiecināt uz kriptogrāfijas. Tabletes autors ar Mezopotāmijas keramikas glazūras izgatavošanas recepti izmantoja retus apzīmējumus, izlaida burtus un aizstāja nosaukumus ar cipariem, lai paslēptu uzrakstīto. Nākotnē ir dažādas atsauces uz kriptogrāfijas izmantošanu, no kurām lielākā daļa attiecas uz izmantošanu militārās lietās.
Ar fonētiskās rakstīšanas parādīšanos rakstīšana tika nekavējoties vienkāršota. Senajā semītu alfabētā II tūkstošgades pirms mūsu ēras bija tikai apmēram 30 rakstzīmes. Viņi apzīmēja līdzskaņus, kā arī dažas patskaņu skaņas un zilbes. Rakstīšanas vienkāršošana izraisīja kriptogrāfijas un šifrēšanas attīstību.
Kriptogrāfijas izmantošanas piemēri ir atrodami svētajās ebreju grāmatās, tai skaitā pravieša Jeremijas grāmatā (6. gadsimtā pirms mūsu ēras), kur tika izmantota vienkārša šifrēšanas metode, ko sauc par atbash. Alfabēta pirmā burta vietā viņi uzrakstīja pēdējo, otrā vietā - priekšpēdējo utt.
Viena no vecākajām zināmajām kriptogrāfijas ierīcēm ir skitala, kas pazīstama arī kā “senās Sparta šifrs”. Skitala (vai scitala no grieķu valodas σκυτάλη, nūjiņa) ir ierīce, ko izmanto permutācijas šifrēšanai. Skitala sastāvēja no cilindra un šauras pergamenta sloksnes, kas apvilkta ap to spirālē, uz kuras tika uzrakstīts ziņojums. Šo ierīci izgudroja spartieši, un ir zināms, ka tā tika izmantota Sparta karā pret Atēnām 5. gadsimta pirms mūsu ēras. e.