Pazudušās pilsētas Amazones jau sen ir klišeja zemu profilu daiļliteratūrā; nopietnie zinātnieki uzskatīja selvu par vidi, kurā var pastāvēt tikai primitīvas cilvēku kultūras. Antropoloģiskie pētījumi līdz šim ir apstiprinājuši šo viedokli: Amazone ir vieta, kur dzīvo indiāņu ciltis, kas atrodas akmens laikmeta līmenī
Tomēr arheoloģiskie dati ir pretrunā ar antropoloģiskajiem datiem: zinātnieks no Floridas Universitātes (ASV) Augusto Oyuela-Caicedo veic izrakumus Peru ziemeļaustrumos, džungļos netālu no Ikitosas pilsētas. Viņa atradumi apstiprina teoriju, kas nesen izplatījusies zinātniskajās aprindās, ka pirms eiropiešu ierašanās Amazonā bija attīstīta kultūra ar iedzīvotāju skaitu līdz 20 miljoniem cilvēku (daudz vairāk nekā pašreizējie Amazones iedzīvotāji).
Atrodi Indijas pilskalnos - keramikā un zemē, galvenokārt tā sauktajā terra preta (“melnzemē”), kas ir vietējās augsnes sajaukums ar cilvēku atkritumiem, kokoglēm un pelniem. Izmirušas kultūras pēdas ir atrodamas visur Amazonē: Brazīlijas arheologa Eduardo Nevesa (San Paulo) universitātes un viņa amerikāņu kolēģu atrastos Manaus tuvumā esošos terra preta slāņus. Indiāņi paaugstināja džungļu produktivitāti, ne tikai mēslojot augsni: visur ir džungļu zonas, kurās ir nenormāli daudz koku, kas nes ēdami augļi. Saskaņā ar progresīvo civilizāciju pastāvēšanas atbalstītājiem Amazones baseinā pirmskolumbu laikmetā tās ir augļu dārzu paliekas. Arheoloģiskie atradumi Bolīvijā un Brazīlijā (pie Xingu upes) norāda:jau 1. gadsimta AD beigās Amazones iedzīvotāji varēja pārvietot tonnas augsnes, būvēt kanālus un aizsprostus, kas mainīja upes gultni.
Izmaiņas zinātnieku uzskatos par Amazones baseina senām kultūrām sākās ar Annas Rūzveltas pētījumiem no Ilinoisas universitātes Čikāgā 80. gados: pasaules lielākajā saldūdens salā Marajo pie Amazones ietekas tika atrasti māju pamati, augstas kvalitātes keramika un attīstītās lauksaimniecības pēdas.
Zinātnieki, kuri pagātnē noliedz progresīvu kultūru pastāvēšanu Amazonē (piemēram, Betija Meggere no Smitsona institūta), teorētiķus uzskata par oportūnistiem, kuri cenšas kļūt slaveni, pretojoties klasiskajiem uzskatiem. Viņi apgalvo: ja Amazones baseinā bija attīstītākas autohtoniskās kultūras nekā tagad, tad tās pārāk daudz neatšķīrās no pašreizējām - ne attīstības līmeņa, ne iedzīvotāju skaita ziņā.
Atbildot uz to, attīstītā Amazones adepti citē spāņu dominikāņu mūku un hroniku Gasparu de Carbajal, kurš 1541. gadā, kuģojis gar Napo upi, rakstīja par "dzirkstošajām baltajām pilsētām", "ļoti auglīgo zemi", "skaistajiem ceļiem" un kanoe laivām, kas spēj pārvadāt desmitiem karotāju … Zinātnieki apgalvo, ka eiropiešu ievesto slimību dēļ gāja bojā attīstīta civilizācija, un no koka un salīdzinoši kompaktajiem laukiem būvētās pilsētas džungļi ļoti ātri un gandrīz pilnībā norija. (Šeit jāatceras, ka dažādām kultūrām ir atšķirīgas spējas atstāt pēdas arheologiem - atkarībā no izmantotajiem materiāliem. Ja tas nebūtu paredzēts dažām brīnumainā kārtā saglabātām piezīmēm par viegli sagruvušu bērza mizu, lielāko daļu seno novgorodiešu būtu uzskatījis par analfabētiem.)
Un vēl viena apsūdzība tiem, kuri uzskata Amazoni par augsti attīstītu kultūru dzimteni: ar izteikumiem par reģiona spēju pabarot miljoniem cilvēku, nekaitējot videi, viņi palīdz korporācijām, kas lobē aktīvo reģiona attīstību. Eduardo Nevess atbild šādi: "Mēs humanizējam Amazones vēsturi."