Peru Atrastu Mūmiju Audu Paraugu ģenētiskā Analīze - Alternatīvs Skats

Satura rādītājs:

Peru Atrastu Mūmiju Audu Paraugu ģenētiskā Analīze - Alternatīvs Skats
Peru Atrastu Mūmiju Audu Paraugu ģenētiskā Analīze - Alternatīvs Skats

Video: Peru Atrastu Mūmiju Audu Paraugu ģenētiskā Analīze - Alternatīvs Skats

Video: Peru Atrastu Mūmiju Audu Paraugu ģenētiskā Analīze - Alternatīvs Skats
Video: The War on Drugs Is a Failure 2024, Maijs
Anonim

Ziņojums par Peru atrasto mūmiju audu paraugu ģenētiskās analīzes rezultātiem. Šis ziņojums tika sagatavots 2018. gada novembrī.

Izpildītāji

Image
Image
  • CEN4GEN laboratorijas (6756 - 75 Street NW Edmonton, AB Kanāda T6E 6T9) - parauga sagatavošana un secība.
  • ABRAXAS BIOSYSTEMS SAPI DE CV (Meksika) - datoru datu analīze.

Pēc sākotnējās kvalitātes analīzes no 7 iesniegtajiem paraugiem turpmākai analīzei tika ņemti 3 paraugi.

Paraugi analīzei

Apzīmējums sākotnējais nosaukums Nosacīts nosaukums Bilde
Senais-0002 Kakla kauls Med Sēdē 00-12 Viktorija 4 Viktorija 3.117
Senais-0003 1 roka 001 Atsevišķa roka ar 3 pirkstiem Attēls 3.118
Senais-0004 Momia 5 - DNS Viktorija 3.117

Šiem paraugiem tika veiktas šādas darbības:

Reklāmas video:

  1. DNS ekstrakcija.
  2. DNS kvalitātes pārbaude.
  3. DNS pavairošana.
  4. DNS bibliotēkas izveidošana.
  5. DNS sekvencēšana.
  6. Attīrītu secīgu datu veidošana.
  7. Kvalitātes kontrole.
  8. Iepriekšēja analīze, pārklājot DNS, norāda uz cilvēka genomu.
  9. Īsās DNS izolācijas analīze ir raksturīga senajai DNS.
  10. Ancient0003 DNS pārklājums lasāms par esošajām cilvēka genoma bibliotēkām.
  11. Mitohondriju analīze D-cilpas variantu un citu informatīvo vietu noteikšanai mitohondriju haplotipu noteikšanai.
  12. Paraugu dzimuma noteikšana Ancient0003.
  13. Iespējamo svešo organismu identificēšana paraugos.
  14. DNS datu bāzu analīze, lai identificētu līdzības ar zināmiem organismiem.
Attēls 3.117. Paraugu iegūšana no Viktorijas kakla
Attēls 3.117. Paraugu iegūšana no Viktorijas kakla

Attēls 3.117. Paraugu iegūšana no Viktorijas kakla.

Lai identificētu iespējamos organismu veidus, kas atrodas paraugos Ancient0004 un Ancient0002 (Victoria), tika veikta DNS skicēšana (Ondov et al., 2016), kurā īsu fragmentu grupas, k-mers, tika salīdzinātas ar pieejamajām datu bāzēm. Tika izmantota programmatūra BBTools.

Tika pārbaudīti šādi organismi:

  1. Baktērijas.
  2. Vīruss.
  3. Plazmīdas.
  4. Fāgi.
  5. Sēnītes.
  6. Plastid.
  7. Diatomi.
  8. Cilvēka.
  9. Bos Taurus.
  10. H penzbergensis.
  11. PhaseolusVulgaris.

  12. Mix2: Marķējums šādiem genomiem:

    • Lotus japonicus chloroplast, pilnīgs genoms.
    • Canis lupus familiaris cOR9S3P ožas receptoru ģimenes 9. apakšgrupas S pseidogēns (cOR9S3P) 25. hromosomā.
    • Vigna radiata mitohondrijs, pilnīgs genoms.
    • Millettia pinnata hloroplasti, pilnīgs genoms.
    • Curvibacter lanceolatus ATCC 14669 F624DRAFT_scaffold00015.15, visa genoma bise.
    • Asinibacterium sp. OR53 sastatne1, visa genoma bise.
    • Bacillus firmus celms LK28 32, visa genoma bise.
    • Bupleurum falcatum hloroplasti, pilnīgs genoms.
    • Alicycliphilus sp. B1, visa genoma bise.
    • Bacillus litoralis celms C44 Scaffold1, visa genoma bise.
    • Chryseobacterium takakiae celms DSM 26898, visa genoma bise.
    • Paenibacillus sp. FSL R5-0490.
    • Bacillus halosaccharovorans celms DSM 25387 Scaffold3, visa genoma bise.
    • Rhodospirillales baktērija URHD0017, visa genoma bise.
    • Bacillus onubensis celms 10J4 10J4_trimmed_contig_26, visa genoma šāviena secība.
    • Radyrhizobium sp. MOS004 mos004_12, visa genoma bise.
    • Bacillus sp. UMB0899 ERR1203650.17957_1_62.8, visa genoma bise.

  13. Mugurkaulnieki: Marķējums šādiem genomiem:

    • Amblyraja-radiata_sAmbRad1_p1.fasta.
    • bStrHab1_v1.p_Kakapo.fasta.
    • bTaeGut1_v1.p_ZebraFinch.fasta.
    • GCA_000978405.1_CapAeg_1.0_genomic_CapraAegagrus.fna.
    • GCA_002863925.1_EquCab3.0_genomic_Horse.fna.
    • GCF_000002275.2_Ornithorhynchus_anatinus_5.0.1_genomic.fna.
    • GCF_000002285.3_CanFam3.1_genomic.fna.
    • Macaco_GCF_000772875.2_Mmul_8.0.1_genomic.fna.
    • rGopEvg1_p1_Gopherus_evgoodei_tortuga.fasta.
  14. Vienšūņi.
Attēls 3.118. Divu trīs pirkstu roku attēls un radiogrāfs
Attēls 3.118. Divu trīs pirkstu roku attēls un radiogrāfs

Attēls 3.118. Divu trīs pirkstu roku attēls un radiogrāfs.

Pēc visiem filtriem tika saņemti 27974521 lasījumi Ancient0002 un 304785398 lasījumi Ancient0004. Tas parāda, ka 27% DNS no Ancient0002 parauga un 90% DNS no Ancient0004 parauga nevar identificēt ar analizēto organismu DNS paraugiem no pieejamajām datu bāzēm.

Nākamais analīzes posms tika veikts, izmantojot programmatūru megahit v1.1.3 (Li et al., 2016). Tika iegūts šāds rezultāts:

  • Ancient0002: 60852 contigs, kopā 50459431 bp, min 300 bp, max 24990 bp, vid. 829 bp, N50 868 bp, 884,385 (5,39%) salikti lasījumi.
  • Ancient0003: 54273 contigs, kopā 52727201 bp, min 300 bp, max 35094 bp, vid 972 bp, N50 1200 bp, 20 247 568 (65,69%) salikti lasījumi.

Analīzes rezultāts ir parādīts attēlā.

Image
Image
Attēls 3.116. Klasificēto skaitļu attiecība pret 28073655 Ancient0002 nolasījumiem (augšējais grafiks) un 25084962 Ancient0004 nolasījumiem (apakšējais grafiks), salīdzinot ar 34904805 DNS bāzi, kas pārstāv 1109518 taksonomijas grupas
Attēls 3.116. Klasificēto skaitļu attiecība pret 28073655 Ancient0002 nolasījumiem (augšējais grafiks) un 25084962 Ancient0004 nolasījumiem (apakšējais grafiks), salīdzinot ar 34904805 DNS bāzi, kas pārstāv 1109518 taksonomijas grupas

Attēls 3.116. Klasificēto skaitļu attiecība pret 28073655 Ancient0002 nolasījumiem (augšējais grafiks) un 25084962 Ancient0004 nolasījumiem (apakšējais grafiks), salīdzinot ar 34904805 DNS bāzi, kas pārstāv 1109518 taksonomijas grupas.

Secinājums

Analīzes rezultātā tika parādīts, ka paraugi Ancient0002 un Ancient0004 (Victoria) neatbilst cilvēka genomam, savukārt Ancient0003 paraugs labi atbilst cilvēka paraugam.

Komentārs Korotkov K. G

Ņemiet vērā, ka trīspirkstu roka piederēja lielam radījumam, kura lielums ir salīdzināms ar Mariju, un iegūtais rezultāts atbilst Marijas DNS analīzes rezultātam. Viktorija ir "mazu radību" pārstāve, un rezultāts liecina, ka viņu DNS neatbilst nevienai mūsdienu zemes radībai. Dabiski, ka mums nav datu par senajām radībām, kas miljonu gadu laikā ir pazudušas.

Saites

  • Corvelo, A., Clarke, WE, Robine, N., & Zody, MC (2018). taxMaps: visaptveroša un ļoti precīza īsi nolasītu datu taksonomiskā klasifikācija pieņemamā laikā. Genoma izpēte, 28 (5), 751–758.
  • Gamba, C., Hanghøj, K., Gaunitz, C., Alfarhan, AH, Alquraishi, SA, Al-Rasheid, KAS, … Orlando, L. (2016). Salīdzinot trīs seno DNS ekstrakcijas metožu veiktspēju augstas caurlaides secības noteikšanai. Molekulārās ekoloģijas resursi, 16 (2), 459–469.
  • Huangs, W., Li, L., Myers, JR, & Marth, GT (2012). MĀKSLA: nākamās paaudzes lasīšanas simulators. Bioinformatics, 28 (4), 593-594.
  • Li, D., Luo, R., Liu, C.-M., Leung, C.-M., Ting, H.-F., Sadakane, K., … Lam, T.-W. (2016). MEGAHIT v1.0: ātrs un mērogojams metagenomu apkopotājs, kuru virza uzlabotas metodoloģijas un kopienas prakse. Metodes, 102, 3-11.
  • Ondov, BD, Treangen, TJ, Melsted, P., Mallonee, AB, Bergman, NH, Koren, S., & Phillippy, AM (2016). Mash: ātrs genoma un metagenomu attāluma novērtējums, izmantojot MinHash. Genoma bioloģija, 17 (1), 132.
  • Šūberts, M., Ermini, L., Der Sarkissian, C., Jónsson, H., Ginolhac, A., Schaefer, R., … Orlando, L. (2014). Seno un moderno genomu raksturojums ar SNP noteikšanu un filoģenomiskā un metagenomiskā analīze, izmantojot PALEOMIX. Nature Protocols, 9 (5), 1056-1082.
  • Weissensteiner, H., Forer, L., Fuchsberger, C., Schöpf, B., Kloss-Brandstätter, A., Specht, G., … Schönherr, S. (2016). mtDNA-Server: nākamās paaudzes datu analīze cilvēka mitohondriju DNS mākonī. Nukleīnskābju izpēte, 44 (W1), W64-W69.
  • Džans, Dž., Koberts, K., Flouri, T., & Stamatakis, A. (2014). Bumbieris: ātrs un precīzs Illumina pāra beigām reAd mergeR. Bioinformatics, 30 (5), 614-620.

Materiālus sniedza Konstantīns Georgijevičs Korotkovs (tehnisko zinātņu doktors, Informācijas tehnoloģiju, mehānikas un optikas universitātes profesors) un Dmitrijs Vladislavovičs Galetskis (medicīnas zinātņu kandidāts, I. P. Pavlova pirmā Sanktpēterburgas Valsts medicīnas universitāte)