Zinātnieku grupa nosūtīja Izglītības un zinātnes ministrijai, kā arī attiecīgajai disertācijas padomei apelāciju par apvienotās disertācijas padomes lēmumu D 999.073.04 par Pāvelam Khondzinskim piešķiršanu par teoloģijas zinātņu kandidāta zinātnisko pakāpi (saskaņā ar padomes slēdzienu), filozofijas zinātņu kandidāta zinātnisko pakāpi (saskaņā ar autora kopsavilkumu). Apelācijas teksts ir publicēts publiski.
Dokumenta autori atzīmē, ka abstrakti deklarētais zinātniskais grāds un disertācijas teksts neatbilst pakāpei, kas norādīta dokumentos, kas izveidoti pēc aizstāvēšanas: disertācijas padomes locekļu sarakstam, kuri piedalījās sanāksmē disertācijas aizstāvēšanas laikā, un disertācijas padomes slēdzienam. 1. jūnijā, kad notika aizstāvēšana, nebija normatīvo dokumentu, kas ierosinātu iespēju iegūt "teoloģijas kandidāta" pakāpi, atzīmē autori.
Turklāt tiek ziņots, ka desmit dienu laikā no disertācijas padomes sēdes dienas netika publicēta informācija par sabiedrības aizstāvēšanas rezultātiem, un nepatiesi tika norādīts norīkoto dokumentu izveidošanas laiks. Visbeidzot, disertācijas padomes darba laikā tika pārkāpts publicitātes princips: uz sēdi neļāva ne tikai personas, kuras vēlējās piedalīties diskusijā, bet arī žurnālistus. Pēc apelācijas sūdzības iesniedzēju domām, šie fakti norāda uz daudziem pašreizējās regulas par disertācijas aizstāvēšanas padomes pārkāpumiem.
Dokumentu parakstīja Jurijs Pančins (Krievijas Zinātņu akadēmijas Informācijas pārraides problēmu institūts), Vladimirs Aleshins (A. N. Belozersky vārdā nosauktais Fizikālās un ķīmiskās bioloģijas zinātniski pētnieciskais institūts, Maskavas Valsts universitāte), Aleksandrs Kuzņecovs un Dmitrijs Ščerbakovs (REL Paleontoloģiskais institūts).
Disertācijas padome Pāvelam Khondzinskim piešķīra teoloģijas doktora grādu 2017. gada 1. jūnijā. No 22 padomniekiem 21 nobalsoja par (viena vēlēšanu zīme tika atzīta par nederīgu, jo tā tika aizpildīta nepareizi). Disertācijas darba tēma ir "18. gadsimta krievu teoloģijas problēmu risināšana Maskavas metropolīta Sv. Filareta sintēzē." Vēlāk padomes lēmumu apstiprināja Izglītības un zinātnes ministrija.