Mūsdienu zinātnes, izmantojot loģiku kā izziņas instrumentu, bieži sastopas ar teorētiskām pretrunām vai pretrunām starp teorijas sekām un pieredzes, eksperimenta verbalizētajiem rezultātiem. Dažreiz tas ir saistīts ar loģiskām kļūdām spriedumu konstruēšanā, pašreiz esošo zinātnisko metožu nepilnībām vai eksperimentos izmantoto instrumentu nepietiekamo precizitāti, kā arī akceptētās idealizācijas neatbilstībai, tas ir, teoriju nepareizai aksiomatizācijai.
Paradoksa klātbūtne stimulē jaunus pētījumus, dziļāku teorijas, tās "acīmredzamo" postulātu izpratni un bieži noved pie pilnīgas pārskatīšanas.
Paradoksi atklāj izziņas procesa dziļās straumes. Pasludinot par gaidāmajām nepatikšanām zinātnē, viņi vienlaikus to izlēmīgi virza uz priekšu un precīzi, izvirzot jaunas, vēl paradoksālākas idejas.
Paradoksu piemēri zinātnē ir Rasela paradokss, Banaha-Tarski paradokss, Garai paradokss, Smale paradokss, Hausdorfa paradokss, EPR paradokss, kosmoloģiskie paradoksi.
Paradoksi zinātnē, no vienas puses, apzīmē veco zinātnisko zināšanu krīzi (kas izskaidro daudzu zinātnieku negatīvo attieksmi pret šo parādību), no otras puses, tie veicina jauna attīstību, tas pierāda to lietderību un pat noteiktu nepieciešamību. Šeit jūs varat redzēt izvēli starp mieru un attīstību. Ja zinātne, kā tai vajadzētu, dod priekšroku attīstībai, tad zinātniekiem vajadzētu uztvert paradoksus par pašsaprotamiem un mēģināt izmantot viņu sniegtās zināšanas, neskatoties uz to nepārprotamību un pretrunu ar izveidotajiem noteikumiem. Tieši šī paradoksa izpratne tiek uzskatīta par optimālu zinātnes attīstībai šobrīd.